Microbiota es el conjunto de microorganismos que se encuentran generalmente asociados a tejidos sanos tales como piel, mucosas y otros del cuerpo humano y que realizan funciones específicas. Estos microorganismos pertenecientes al dominio Bacteria, en su gran mayoría residentes en el intestino (Microbiota Intestinal), juegan un importante papel en el mantenimiento de la homeostasis del medio interno en el ser humano, y tienen una gran influencia en el mantenimiento de su estado de salud mantenida en el tiempo.

En este ecosistema complejo en el que hay una gran diversidad de bacterias hay que saber que estas según la relación que tienen con el huésped, estas se pueden clasificar en:

• Bacterias mutualistas: donde hay un beneficio entre el hospedador y el microorganismo.
• Bacterias comensales donde el microorganismo es beneficiado, pero no el hospedador
• Bacterias patógenas donde el microorganismo se beneficia, pero causa algún tipo de daño en el hospedador. (Candela y col., 2010).

La mayor densidad de bacterias del intestino humano es mutualista y están distribuidas en aproximadamente 1100 especies, con alrededor de 500 de ellas bien estudiadas. De acuerdo con la clasificación filogenética en su gran mayoría pertenecientes al dominio Bacteria con sus phylum Firmicutes y Bacteroidetes.

La “Microbiota”, convive en simbiosis o armonía con el ser humano y las bacterias por las que está integrada principalmente llegan en total a pesar un kilogramo o más del peso corporal total del individuo, y es más diríamos que 60 – 70 % de la masa fecal está compuesta por bacterias. 

La microbiota se encuentra en una disposición tal en la mucosa del intestino que forman como una   biopelícula que va a facilitar por una parte el intercambio de nutrientes y por otra parte   contribuye a la inducción de la inmunidad innata, al mismo tiempo que regula el crecimiento y desarrollo de la misma mucosa intestinal (Sonnenburg y col., 2004).